ظهرت فكرة إنشاء مستشفى إسلامي في مدينة العقبة لأول مرة في بداية التسعينيات، بعد التجربة الناجحة للمستشفى الإسلامي في عمان، وبالنظر إلى أن العقبة هي المدينة الأبعد عن عمان. ووجود مستشفى واحد فقط في مدينة العقبة تابع للخدمات الطبية الملكية، كان من الضروري سد هذه الفجوة من خلال إنشاء مستشفى يعالج بعض مشكلات سكانها الصحية.

وهكذا تم إنشاء هذا المستشفى في عام 1992 بسعة 31 سريراً وشهد أول مريض له في 26/02/1993. مع أول حالة دخول وولادة بتاريخ 27/02/1993 وبتاريخ 1/8/1998 تم إضافة ثمانية أسرة لزيادة السعة إلى 39 سريرًا. ومع توسع المستشفى وطفرة التخصصات الطبية المتعددة. ازدادت الحاجة إلى بنية تحتية أكبر وأحدث، وفي 25/03/2021، تم نقل المستشفى إلى موقعه الجديد في شارع مؤتة، العقبة، الأردن. حيث يبلغ الآن عدد الأسرة (84) سريراً، ووصل عدد العاملين إلى قرابة 400 عامل والعدد في ازدياد.